جهت درمان باید سیکل درد، اسپاسم و ایسکمی شکسته شود. اولین قدم درمانی تجویز ملین هایی است که مدفوع را حجیم و شل می کنند و همراه با آن نشستن در لگن آبگرم را توصیه می کنیم. در این مرحله تجویز پماد آنتی هموروئید (حاوی مواد بیحس کننده ، کورتون و مواد نرم کننده می باشد) و یا ژل لیدوکائین می تواند کمک کننده باشد. اغلب موارد شقاق حاد با چنین درمانی بهبود می یابند. در صورتیکه پاسخ درمانی کافی گرفته نشد، و یا شقاق از نوع مزمن بود، می توان از داروهای دیگری استفاده کرد.
نیتروگلیسیرین با همان مکانیسمی که عضلات صاف عروق کرونر را شل می کند می تواند عضله اسفنکتر داخلی را هم شل کرده و از اسپاسم خارج کند. پماد %0.2 (دو دهم درصد) آن برای درمان شقاق استفاده میشود و معتقدند یک اسفنکتروتومی شیمیایی موقت ایجاد می کند علاوه بر آن خونرسانی آنودرم را نیز افزایش می دهد. از معایب آن ایجاد سر درد است و بهتر است در حالت خوابیده استفاده شود. در ایران گاهی به اشتباه به بیمار پماد%2 (دو درصد) داده میشود که سردرد بسیار شدیدی ایجاد میکند. پماد ایزوسورباید و یا دیلتیازم موضعی و خوراکی نیز می توانند با مکانیسم مشابه به بهبود شقاق کمک کنند و سر درد هم ایجاد نمی کنند. درمان دارویی شقاق مزمن در حدود 60% موارد موثر است.
تزریق موضعی سم بوتولینیوم(بوتاکس) نیز با فلج موقت عضلات اسفنکتر داخلی, یک نوع اسفنکتروتومی شیمیایی موقت ایجاد می کند که می تواند باعث بهبودی شقاق شود. اما در دراز مدت تا 41% احتمال عود وجود دارد.
در مورد نقش لیزر در درمان شقاق, تبلیغات, بیش از واقعیت است و در محافل و مقالات علمی جایگاه قابل توجهی برای آن قائل نیستند. در صورت عدم پاسخ به درمان داروئی, بعترین درمان, جراحی است, مشروط برآنکه توسط یک جراح کارآزموده انجام شود.
درمان جراحی در مواردیکه درمان دارویی فایده ای نداشته و یا خوب شده و مجدداً عود کرده توصیه میشود. بهترین درمان جراحی اسفنکترو تومی لترال است. قبلاً از دیلاتاسیون تدریجی آنوس زیر بیهوشی استفاده می شد که تا 40% با عود همراه بود. در اسفنکتروتومی لترال حدود 30% فیبرهای عضله اسفنکتر داخلی در سمت راست یا چپ آنوس قطع میشوند. بیش از 95% بیمارانی که اسفنکتروتومی میشوند, با این درمان با این درمان بهبود می یابند و میزان عود آن کمتر از 10% می باشد. با این عمل احتمال بی اختیاری نسبت به دفع گاز وجود دارد و میزان این عارضه بین 5 تا 15% گزارش شده است.اسفنکتروتومی لترال به دو روش باز وبسته انجام میشود. روش بسته بر اساس مقالات با عوارض کمتری همراه میباشد.